La législation européenne impose une étape d'hygiénisation (traitement thermique à température ≥ 70 °C pendant une durée ≥ 60 min sans interruption) avant méthanisation des sous-produits animaux. Ce traitement, consommateur d’énergie, réduit la rentabilité globale des unités de méthanisation. L’étude bibliographique montre que, en Europe, la consommation énergétique du procédé d’hygiénisation thermique représente 6 à 25% de l’énergie primaire générée par les unités de production de biogaz. Dans le cadre des travaux de thèse, des solutions alternatives d’abattement microbien, notamment les électro-technologies (ex. Champs Électriques Pulsés, CEP) ont été étudiées. Ces technologies sont essentiellement développées pour l’inactivation athermique des micro-organismes des denrées alimentaires. Les souches Enterococcus faecalis ATCC 19433 et Escherichia coli ATCC 25922 ont été sélectionnées comme bactéries indicatrices. Une étude des cinétiques d'inactivation des indicateurs à différents paramètres électriques dans les procédés en batch et en continu a été réalisée. L’évaluation de l’efficacité du couplage des CEP et d’un chauffage ohmique, l'effet de la quantité d’énergie utilisée pour le traitement par CEP, la régénération cellulaire des bactéries endommagées et la modélisation cinétique et numérique du procédé sont abordés. Les résultats obtenus confirment la capacité des CEP à hygiéniser les sous-produits animaux dans les systèmes en batch et en continu. Ainsi, le couplage du traitement par CEP et du chauffage ohmique peut significativement réduire la consommation énergétique du procédé.