Major proliferation of transposable elements shaped the genome of the soybean rust pathogen Phakopsora pachyrhizi - Ecole Centrale de Marseille Accéder directement au contenu
Article Dans Une Revue Nature Communications Année : 2023

Major proliferation of transposable elements shaped the genome of the soybean rust pathogen Phakopsora pachyrhizi

Yogesh K Gupta
Francismar C Marcelino-Guimarães
Cécile Lorrain
Andrew Farmer
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Sajeet Haridas
Everton Geraldo Capote Ferreira
Valéria S Lopes-Caitar
Liliane Santana Oliveira
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Emmanuelle Morin
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Stephanie Widdison
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Connor Cameron
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Yoshihiro Inoue
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Kathrin Thor
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Kelly Robinson
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Bernard Henrissat
Kurt Labutti
Aline Mara Rudsit Bini
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Eric Paget
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Vasanth Singan
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Christopher Daum
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Cécile Dorme
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Milan van Hoek
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Antoine Janssen
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Lucie Chandat
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Yannick Tarriotte
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Jake Richardson
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Bernardo Do Vale Araújo Melo
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Alexander H J Wittenberg
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Harrie Schneiders
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Stephane Peyrard
Larissa Goulart Zanardo
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Valéria Cristina Holtman
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Flavie Coulombier-Chauvel
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Tobias I Link
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Dirk Balmer
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André N Müller
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Sabine Kind
Stefan Bohnert
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Louisa Wirtz
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Cindy Chen
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Mi Yan
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Vivian Ng
Pierrick Gautier
Maurício Conrado Meyer
Ralf Thomas Voegele
Qingli Liu
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Igor V Grigoriev
Uwe Conrath
Sérgio H Brommonschenkel
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Marco Loehrer
Ulrich Schaffrath
Catherine Sirven
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Gabriel Scalliet
Sébastien Duplessis
H. Peter van Esse

Résumé

Abstract With >7000 species the order of rust fungi has a disproportionately large impact on agriculture, horticulture, forestry and foreign ecosystems. The infectious spores are typically dikaryotic, a feature unique to fungi in which two haploid nuclei reside in the same cell. A key example is Phakopsora pachyrhizi , the causal agent of Asian soybean rust disease, one of the world’s most economically damaging agricultural diseases. Despite P. pachyrhizi ’s impact, the exceptional size and complexity of its genome prevented generation of an accurate genome assembly. Here, we sequence three independent P. pachyrhizi genomes and uncover a genome up to 1.25 Gb comprising two haplotypes with a transposable element (TE) content of ~93%. We study the incursion and dominant impact of these TEs on the genome and show how they have a key impact on various processes such as host range adaptation, stress responses and genetic plasticity.
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hal-04143167 , version 1 (27-06-2023)

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Citer

Yogesh K Gupta, Francismar C Marcelino-Guimarães, Cécile Lorrain, Andrew Farmer, Sajeet Haridas, et al.. Major proliferation of transposable elements shaped the genome of the soybean rust pathogen Phakopsora pachyrhizi. Nature Communications, 2023, 14 (1), pp.1835. ⟨10.1038/s41467-023-37551-4⟩. ⟨hal-04143167⟩
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