PeakForest: a multi-platform digital infrastructure for interoperable metabolite spectral data and metadata management
PeakForest : une infrastructure numérique, multiplateforme pour la gestion interopérable des données spectrales et des métadonnées des métabolites
PeakForest: a multi-platform digital infrastructure for interoperable metabolite spectral data and metadata management
Nils Paulhe
(1)
,
Cécile Canlet
(2, 3)
,
Annelaure Damont
(4, 5, 6, 7)
,
Lindsay Peyriga
(8)
,
Stéphanie Durand
(1, 9)
,
Catherine Deborde
(10, 11)
,
Sandra Alves
(4)
,
Stephane Bernillon
(10, 11)
,
Thierry Berton
(10, 11)
,
Raphael Bir
(1, 9)
,
Alyssa Bouville
(3, 2)
,
Edern Cahoreau
(8, 12)
,
Delphine D. Centeno
(1, 9)
,
Robin Costantino
(3, 2)
,
Laurent Debrauwer
(2, 3)
,
Alexis Delabrière
(4)
,
Christophe Duperier
(9, 1)
,
Sylvain Emery
(9, 1)
,
Amelie Flandin
(10, 11)
,
Ulli Hohenester
(4)
,
Daniel Jacob
(10, 11)
,
Charlotte Joly
(1, 9)
,
Cyril Jousse
(1, 9)
,
Marie Lagree
(1, 9)
,
Nadia Lamari
(10, 11)
,
Marie Lefebvre
(10, 11)
,
Claire Lopez-Piffet
(1, 11)
,
Bernard Lyan
(1, 9)
,
Mickael Maucourt
(10, 11)
,
Carole Migne
(1, 9)
,
Marie-Francoise Olivier
(4)
,
Estelle Rathahao-Paris
(4)
,
Pierre Pétriacq
(10, 11)
,
Julie Pinelli
(10, 11)
,
Léa Roch
(10, 11)
,
Pierrick Roger
(4)
,
Simon Roques
(10, 11)
,
Jean-Claude Tabet
(4)
,
Marie Tremblay-Franco
(2, 3)
,
Mounir Traïkia
(1, 9)
,
Anna Warnet
(4)
,
Vanessa Zhendre
(10, 11)
,
Dominique Rolin
(10, 11)
,
Fabien Jourdan
(3, 2)
,
Etienne Thévenot
(4)
,
Annick Moing
(10, 11)
,
Emilien Jamin
(2, 3)
,
François Fenaille
(4, 13, 7, 14)
,
Christophe Junot
(4)
,
Estelle Pujos-Guillot
(1, 9)
,
Franck Giacomoni
(1, 9)
1
UNH -
Unité de Nutrition Humaine
2 E20 - Metatoul AXIOM
3 ToxAlim - ToxAlim
4 MTS - Médicaments et Technologies pour la Santé
5 CEA - CEA- Saclay
6 Université Paris-Saclay
7 MetaboHUB-IDF
8 MetaboHUB-MetaToul
9 PFEM - Plateforme Exploration du Métabolisme
10 BFP - Biologie du fruit et pathologie
11 Plateforme Bordeaux Metabolome
12 TBI-MetaToul - MetaToul FluxoMet
13 LI-MS - Laboratoire Innovations en Spectrométrie de Masse pour la santé
14 SPI - Service de Pharmacologie et Immunoanalyse
2 E20 - Metatoul AXIOM
3 ToxAlim - ToxAlim
4 MTS - Médicaments et Technologies pour la Santé
5 CEA - CEA- Saclay
6 Université Paris-Saclay
7 MetaboHUB-IDF
8 MetaboHUB-MetaToul
9 PFEM - Plateforme Exploration du Métabolisme
10 BFP - Biologie du fruit et pathologie
11 Plateforme Bordeaux Metabolome
12 TBI-MetaToul - MetaToul FluxoMet
13 LI-MS - Laboratoire Innovations en Spectrométrie de Masse pour la santé
14 SPI - Service de Pharmacologie et Immunoanalyse
Nils Paulhe
- Fonction : Auteur
- PersonId : 743152
- IdHAL : nils-paulhe
- ORCID : 0000-0003-4550-1258
- IdRef : 25311859X
Cécile Canlet
- Fonction : Auteur
- PersonId : 747093
- IdHAL : cecile-canlet
- ORCID : 0000-0002-6389-0712
- IdRef : 235455504
Lindsay Peyriga
- Fonction : Auteur
- PersonId : 1198247
- IdHAL : lindsay-peyriga
- ORCID : 0000-0002-6138-7961
Stéphanie Durand
- Fonction : Auteur
- PersonId : 736394
- IdHAL : stephanie-durand2
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- IdRef : 118436511
Catherine Deborde
- Fonction : Auteur
- PersonId : 739807
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Sandra Alves
- Fonction : Auteur
- PersonId : 1215860
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- IdRef : 069729654
Stephane Bernillon
- Fonction : Auteur
- PersonId : 736176
- IdHAL : stephane-bernillon
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Thierry Berton
- Fonction : Auteur
- PersonId : 1095873
- IdRef : 178291242
Edern Cahoreau
- Fonction : Auteur
- PersonId : 761327
- IdHAL : edern-cahoreau
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Delphine D. Centeno
- Fonction : Auteur
- PersonId : 754448
- IdHAL : dephine-centeno
- ORCID : 0000-0002-2747-6290
Laurent Debrauwer
- Fonction : Auteur
- PersonId : 1106714
- IdHAL : laurent-debrauwer
- ORCID : 0000-0003-3600-0902
- IdRef : 126035288
Christophe Duperier
- Fonction : Auteur
- PersonId : 1142870
- IdHAL : christophe-duperier
Sylvain Emery
- Fonction : Auteur
- PersonId : 1142871
Daniel Jacob
- Fonction : Auteur
- PersonId : 171181
- IdHAL : daniel-jacob65
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- IdRef : 085566683
Charlotte Joly
- Fonction : Auteur
- PersonId : 1142872
- IdHAL : charlotte-joly
Marie Lagree
- Fonction : Auteur
- PersonId : 1142873
Marie Lefebvre
- Fonction : Auteur
- PersonId : 13530
- IdHAL : marie-lefebvre
- ORCID : 0000-0002-3093-5873
Bernard Lyan
- Fonction : Auteur
- PersonId : 754622
- IdHAL : bernard-lyan
Carole Migne
- Fonction : Auteur
- PersonId : 737879
- IdHAL : carole-migne
Estelle Rathahao-Paris
- Fonction : Auteur
- PersonId : 1140507
- IdHAL : estelle-rathahao-paris
- ORCID : 0000-0002-7271-7372
Pierre Pétriacq
- Fonction : Auteur
- PersonId : 735448
- IdHAL : pierre-petriacq
- ORCID : 0000-0001-8151-7420
- IdRef : 157627829
Simon Roques
- Fonction : Auteur
- PersonId : 1276230
- IdHAL : simon-roques
- ORCID : 0000-0003-3566-8505
Jean-Claude Tabet
- Fonction : Auteur
- PersonId : 1207512
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- IdRef : 070390991
Marie Tremblay-Franco
- Fonction : Auteur
- PersonId : 746475
- IdHAL : marie-tremblay-franco
- ORCID : 0000-0003-4678-4456
- IdRef : 079092799
Mounir Traïkia
- Fonction : Auteur
- PersonId : 743180
- IdHAL : mounir-traikia
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- IdRef : 235670871
Fabien Jourdan
- Fonction : Auteur
- PersonId : 736810
- IdHAL : fabien-jourdan
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- IdRef : 069183996
Annick Moing
- Fonction : Auteur
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- IdHAL : annick-moing
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- IdRef : 031407870
Emilien Jamin
- Fonction : Auteur
- PersonId : 751799
- IdHAL : ejamin
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- IdRef : 125987889
François Fenaille
- Fonction : Auteur
- PersonId : 1136732
- IdHAL : francois-fenaille
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Estelle Pujos-Guillot
- Fonction : Auteur
- PersonId : 741275
- IdHAL : estelle-pujos-guillot
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Franck Giacomoni
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- Fonction : Auteur correspondant
- PersonId : 181685
- IdHAL : giacomoni-franck
- ORCID : 0000-0001-6063-4214
- IdRef : 253126916
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Résumé
Introduction
Accuracy of feature annotation and metabolite identification in biological samples is a key element in metabolomics research. However, the annotation process is often hampered by the lack of spectral reference data in experimental conditions, as well as logistical difficulties in the spectral data management and exchange of annotations between laboratories.
Objectives
To design an open-source infrastructure allowing hosting both nuclear magnetic resonance (NMR) and mass spectra (MS), with an ergonomic Web interface and Web services to support metabolite annotation and laboratory data management.
Methods
We developed the PeakForest infrastructure, an open-source Java tool with automatic programming interfaces that can be deployed locally to organize spectral data for metabolome annotation in laboratories. Standardized operating procedures and formats were included to ensure data quality and interoperability, in line with international recommendations and FAIR principles.
Results
PeakForest is able to capture and store experimental spectral MS and NMR metadata as well as collect and display signal annotations. This modular system provides a structured database with inbuilt tools to curate information, browse and reuse spectral information in data treatment. PeakForest offers data formalization and centralization at the laboratory level, facilitating shared spectral data across laboratories and integration into public databases.
Conclusion
PeakForest is a comprehensive resource which addresses a technical bottleneck, namely large-scale spectral data annotation and metabolite identification for metabolomics laboratories with multiple instruments. PeakForest databases can be used in conjunction with bespoke data analysis pipelines in the Galaxy environment, offering the opportunity to meet the evolving needs of metabolomics research. Developed and tested by the French metabolomics community, PeakForest is freely-available at https://github.com/peakforest .
Origine : Fichiers produits par l'(les) auteur(s)